З серпня 1940 до лютого 1941 98-ма піхотна дивізія була тимчасово розпущена. Напередодні вторгнення до Радянського Союзу, з'єднання було знов укомплектоване ветеранами дивізії й зосереджене у районі французьких міст Шалон-ан-Шампань і Еперне, де її підрозділи змінили 78-му та 253-ю піхотні дивізії, що прямували на східні кордони Рейху. Але вже наприкінці червня 1941 98-му змінила з окупаційними функціями нова — 335-та піхотна дивізія, а 98-му направили на східну ділянку німецько-радянського фронту, як резерв ОКХ.
У запеклих боях в Україні дивізія зазнала серйозних втрат і значно втратила свій бойовий потенціал. Через високі втрати три батальйони дивізії були скорочені (II./282, III./289, III./290), й надалі з'єднання вело бойові дії в скороченому складі.
Після важких та кровопролитних боїв на московському напрямку, дивізія практично вичерпала свій потенціал, а після переходу радянських військ у контрнаступ перейшла до оборони в районі Юхнова та річки Угра.
Протягом зими 1942 — зими 1943 дивізія вела затяті оборонні бої у Ржевському виступі. Під час Ржевської битви формування 98-ї піхотної дивізії протистояли спробам радянських Західного і Калінінського фронтів вибити війська німецької групи армій «Центр» на Ржевсько-Сичовському напрямку в районі Гжатська.
98-ма піхотна дивізія після виходу з-під Ржеву була виведена до резерву на доукомплектування та відновлення боєздатності. Протягом весни 1943 вона перебувала у районі Брянська, Мгліна.
Рештки дивізії були зосереджені спочатку в Румунії, а згодом у Хорватії, поблизу Загреба. 5 червня 1944 98-ма піхотна дивізія розпочала повне реформування на фондах вцілілих військ та додатково підрозділів 387-ї піхотної дивізії та інших формувань, що евакуювали з Криму. До серпня 1944 дивізія відновила свою боєздатність і передана до складу LXXVI-го танкового корпусу10-ї армії.
98-ма піхотна дивізія брала участь у бойових діях на Італійському театрі дій до кінця Другої світової війни. Билася поблизу Ріміні, Імола, Ровіго, Болоньї, Луго на півночі Італії. Капітулювала 8 травня 1945 американським військам у передгір'ях Східних Альп.
Georg Tessin: Verbände und Truppen der deutschen Wehrmacht und Waffen-SS im Zweiten Weltkrieg 1939–1945. Band 8: Die Landstreitkräfte 201–280. 2. Auflage. Biblio-Verlag, Bissendorf 1979, ISBN 3-7648-1174-9.
Burkhard Müller-Hillebrand: Das Heer 1933–1945. Entwicklung des organisatorischen Aufbaues. Vol.III: Der Zweifrontenkrieg. Das Heer vom Beginn des Feldzuges gegen die Sowjetunion bis zum Kriegsende. Mittler: Frankfurt am Main 1969, p. 286.
Мартин Гарайс. 98-я пехотная дивизия = 98. Infanterie-division: Kampf und Ende der Frankisch-Sudetendeutschen. — М. : Центрполиграф, 2007. — 352 с. — (Дивизии вермахта на Восточном фронте) — 3000 прим. — ISBN 978-5-227-04216-3.(рос.)
Gareis, Martin (2004). Kampf und Ende der fränkisch-sudetendeutschen 98. Infanterie Division. Verlag: Dörfler. ISBN 978-3-89555-184-0.(нім.)
Schulz, W. (1978). Der Weg der 98. Infanterie Division 1939–1945. Selbstverlag, Wulfsfelde.(нім.)