Pemerintah Kota Ambon memerintah Kota Ambon dengan dasar hukum Undang-Undang Nomor 60 Tahun 1958. Pemerintahan kota dikepalai oleh seorang wali kota yang didampingi oleh wakil wali kota.[1] Ambon berstatus sebagai kota yang menjadi bagian dari ProvinsiMaluku. Wilayah Kota Ambon dibagi lagi menjadi 5 kecamatan. 5 kecamatan tersebut terbagi lagi menjadi 50 kelurahan dan desa.[2]
Lembaga eksekutif Kota Ambon mencakupi wali kota dan wakil wali kotaAmbon. Wali kota dan wakilnya dipilih lima tahun sekali melalui sebuah pilkada.[3]Pilkada terakhir dilaksanakan pada tahun 2017 dengan kemenangan pasangan Paparissa Baru (Richard Louhenapessy dan Syarif Hadler)[4] yang kini menjadi wali kota[5][6] dan wakil wali kota Ambon.[7][8] Wali kota merupakan perwakilan dari Partai Golkar. Tempat penyelenggaraan pemerintahan lembaga eksekutif Kota Ambon berada di Balai Kota Ambon yang terletak di Jalan Sultan Hairun No. 1, Ambon.
^Zulkarnaen; Saebani, Beni Ahlmad (2012). Hukum Konstitusi. Bandung: Pustaka Setia.Periksa nilai tanggal di: |year= (bantuan)
^"Kota Ambon". malukuprov.go.id. 17 Oktober 2016. Diarsipkan dari versi asli tanggal 2017-12-22. Diakses tanggal 4 Desember 2017.Parameter |first1= tanpa |last1= di Authors list (bantuan)