Druhý prototyp Ar 68b (D-IVUS) už měl motor Jumo 210 A o výkonu 610 k a byl zalétán v roce 1935. Třetí prototyp Ar 68c (D-IBAS) navíc nesl výzbroj dvou kulometůMG 17ráže 7,92 mm. Výkony typu však nebyly hodnoceny příliš kladně. Prototyp Ar 68d (D-ITAR) opět poháněl motor BMW VI, zatímco prototyp Ar 68e (D-ITEP), který se stal vzorem konečné sériové verze Ar 68E-1, poháněl motor s dvojstupňovým kompresorem Jumo 210 Da o výkonu 680 k.
Ar 68d V4 se stal vzorovým strojem sériové varianty Ar 68 F-1 s instalovanou pohonnou jednotkou BMW VI 7,3 Z. Výroba této verze byla ukončena na podzim 1936.
Sériová varianta Ar 68E-1 byla vybavena motorem Jumo 211 Ea o výkonu 750 k, který roztáčel dvoulistou dřevěnou vrtuli Heine.
Poslední verzí byl stroj Ar 68 H (D-ISIX) vyrobený na jaře 1937, který poháněl hvězdicovýdevítiválcový motor BMW 132 Da chlazený vzduchem o výkonu 625 kW. Tento exemplář s již zakrytou pilotní kabinou dosahoval o 65 km/h vyšší rychlost oproti předchozím verzím. Výzbroj byla posílena další dvojicí kulometů MG 17 v horním křídle. Sériová výroba však nebyla zahájena.
Nasazení
Letouny Arado Ar 68 F-1 byly do služby zavedeny v létě roku 1936. Jedinou jednotkou vybavenou touto verzí se stala nově založená I./JG 134 „Horst Wessel“ ve Werlu, později přeznačená na ZG 26.
Ar 68 E-1 se dostaly do výzbroje nově zformované III./JG 141 ve Fürstenwalde.
V roce 1938 byly dva stroje Ar 68 E-1 testovány v bojových podmínkách Španělské občanské války v jednotce Grupo 9, které velel kapitán Javier Murcia, jako noční stíhací. Zde se ukázalo, že dvouplošníky jsou již zastaralým typem válečného letadla a tak k sériové výrobě dalších zlepšených verzí stroje již nedošlo.
Noční stíhací úkoly plnily od září do konce roku 1939 také letouny Ar 68 E a F ve výzbroji Luftwaffe. V rámci Luftflotte 3 operovaly 10.(Nachtjagd)/JG 72 se 16 stroji a 11.(Nachtjagd)/JG 72 s 12 stroji, které hlídkovaly nad německo-francouzskou hranicí. Obě jednotky byly zanedlouho přejmenovány na 11./JG 2 a 5./JG 52.
Dne 26. září 1939 byla 7./JG 53 zreorganizována na 10.(Nachtjagd)/JG 53 a vybavena letouny Ar 68 F-1. Jednotka operovala z letišť v oblasti Oedheim-Heilbronn.
Od roku 1940 byly všechny Ar 68 převedeny do Jagdfliegerschulen k výcviku.