Sautter war zwischen 1980 und 1981 Direktor des Zentrums für internationale Wirtschaftsstudien CEPII (Centre d’Études prospectives et d’informations internationales). Nach der Wahl von François Mitterrand zum Staatspräsidenten wurde er 1981 Technischer Berater für Wirtschaftsangelegenheiten im Generalsekretariat des Élysée-Palast und war danach zwischen 1982 und 1985 erstmals stellvertretender Generalsekretär des Élysée-Palastes und damit als Vertreter von Jean-Louis Bianco einer der engsten Berater von Präsident Mitterrand.
Nach einer Tätigkeit als Generalinspekteur der Finanzen (Inspecteur général des finances) kehrte Sautter 1988 in den Élysée-Palast zurück und war dort bis 1990 abermals als Vertreter von Jean-Louis Bianco stellvertretender Generalsekretär des Präsidialamtes. Im Anschluss war er zwischen 1991 und 1993 Präfekt des Département Paris.
Staatssekretär, Minister und Vize-Bürgermeister von Paris
Am 4. Juni 1997 wurde Sautter im Kabinett Jospin Staatssekretär für den Haushalt im Ministerium für Wirtschaft, Finanzen und Industrie (Secrétaire d’État auprès du ministre de l’économie, des finances et de l’industrie, chargé du Budget) und bekleidete diesen Posten bis zum 2. November 1999. Danach wurde er am 2. November 1999 als Nachfolger von Dominique Strauss-Kahn selbst Minister für Wirtschaft und Finanzen sowie Industrieminister (Ministre de l’économie, des finances et de l’industrie) im Kabinett Jospin. Er bekleidete diese Ministerposten bis zum 28. März 2000 und wurde dann durch Laurent Fabius abgelöst.[1][2][3]
Er wurde daraufhin am 25. März 2001 Vize-Bürgermeister und verblieb in dieser Funktion bis zum 5. April 2014. Als solcher war er als Vertreter des Pariser BürgermeistersBertrand Delanoë zunächst Beigeordneter für Finanzen, wirtschaftliche Entwicklung und Beschäftigung sowie anschließend von 2008 bis 2014 Beigeordneter für Beschäftigung, wirtschaftliche Entwicklung und internationale Attraktivierung.