1889 wurde er von der Imperial British East Africa Company engagiert und erkundete den Fluss Sabaki und die umliegenden Gegenden und erarbeitete ein Programm zur Befreiung der Sklaven der ostafrikanischen Region. 1890 wurde er nach Buganda entsandt, wo er als Kolonialbeamter für Militärangelegenheiten zuständig war. So gründete er auch das Fort Lugard, um das herum später Kampala, die heutige Hauptstadt Ugandas, entstand. Seine wichtigste Handlung bestand jedoch darin, mit dem Omukama (König) Kasagama von Toro eine Vereinbarung zum Schutz gegen Übergriffe aus Bunyoro zu treffen und somit Toro an das britische Empire zu binden. Dies führte zur Gründung weiterer Befestigungen, unter anderem von Fort Portal, und letztlich zur Gründung des Protektorates Uganda.
Lugard heiratete 1902 die fünf Jahre ältere Flora Shaw († 1929), die einflussreiche Auslandskorrespondentin der London Times. Die beiden hatten keine Kinder. Er wurde am 16. März 1928 mit dem Titel Baron Lugard, of Abinger in the County of Surrey, zum erblichen Peer erhoben. Er wurde dadurch Mitglied des britischen House of Lords. Der Titel erlosch mit seinem Tod, 1945, da er keine männlichen Abkömmlinge hatte.
Theoretiker der Indirect rule
In seinem 1922 veröffentlichten Buch The Dual Mandate in British Tropical Africa entwickelte er eine Theorie der sogenannten Indirect rule. Das Werk wurde quasi zum Handbuch der britischen Kolonialbeamten im gesamten Empire.