Es folgten fünf weitere Spielzeiten in Pittsburgh, ehe bei Dupuis im November 2014 eine Lungenembolie diagnostiziert wurde. Aufgrund derer bestritt er in der Saison 2014/15 kein Spiel mehr.[1] Mit Beginn der Spielzeit 2015/16 schien der Kanadier die Erkrankung überwunden zu haben und kam bis Dezember 2015 auf 18 Einsätze, ehe er zwei Tage nach seinem letzten Spiel überraschend sein Karriereende bekanntgab. Er und sein behandelnder Arzt begründeten diesen Schritt mit Hinblick auf seine langfristige Gesundheit, die bei weiterem Sport auf höchstem Niveau vermutlich in Mitleidenschaft gezogen werde würde.[2] Am Ende der Saison 2015/16 gewannen die Penguins erneut den Stanley Cup und ließen auch Dupuis’ Namen auf der Trophäe eingravieren, obwohl er nur 18 Spiele in der regulären Saison absolviert hatte.
Im Anschluss an seine aktive Karriere wurde Dupuis im Sommer 2020 Teilhaber des LHJMQ-Franchises Cataractes de Shawinigan, für das er während seiner Juniorenkarriere selbst gespielt hatte. Parallel dazu fungierte der Kanadier in der Saison 2020/21 als Director of Hockey Operations. Zur folgenden Saison wechselte er für zwei Spieljahre als Assistenztrainer hinter die Bande der Cataractes. Am Ende der Spielzeit 2021/22 gewann Shawinigan erstmals in seiner Franchise-Geschichte die Coupe du Président.
(Legende zur Spielerstatistik: Sp oder GP = absolvierte Spiele; T oder G = erzielte Tore; V oder A = erzielte Assists; Pkt oder Pts = erzielte Scorerpunkte; SM oder PIM = erhaltene Strafminuten; +/− = Plus/Minus-Bilanz; PP = erzielte Überzahltore; SH = erzielte Unterzahltore; GW = erzielte Siegtore; 1Play-downs/Relegation; Kursiv: Statistik nicht vollständig)