Ab 1995 arbeitete Kramer, der als Erwachsener zum Judentum konvertierte,[7] für die Jewish Claims Conference[4] und war dort zunächst Assistent des Europa-Direktors. Seit 1998[4][1] war er beim Zentralrat der Juden in Deutschland tätig, anfangs als persönlicher Referent von Ignatz Bubis, dann als Geschäftsführer.[4] Erst zu dieser Zeit trat Kramer selbst zum Judentum über.[4] Im April 2004 wurde er zum Generalsekretär ernannt. Kramer schloss sich vor den Gemeindeparlamentswahlen 2007 der Berliner jüdischen Gemeinde der Wahlliste ATID (hebräisch: Zukunft) an, die das Gemeindemitglied Lala Süsskind gegründet hatte. Kramer ist stellvertretender Vorsitzender des Stiftungskuratoriums von AMCHA Deutschland.
Nach der Ermordung Marwa El-Sherbinis 2009 beklagte Kramer die seiner Meinung nach zu wenig beachtete gesellschaftspolitische Dimension dieser Tat.
Thilo Sarrazins 2009 erfolgte Äußerungen zu Einwanderern in Berlin kritisierte Kramer mit den Worten: „Ich habe den Eindruck, dass Sarrazin mit seinem Gedankengut Göring, Goebbels und Hitler große Ehre erweist.“[8] Kramers Aussage rief, da sie auch als Relativierung der nationalsozialistischen Verbrechen gewertet wurde, scharfen Widerspruch hervor.[9] Kramer bedauerte seinen Vergleich in Folge, blieb allerdings bei seiner Einschätzung, dass Sarrazins Äußerungen rassistisch gewesen seien.[10] Erneut kritisierte Kramer Sarrazin für dessen Ende August 2010 erschienenes Buch Deutschland schafft sich ab und legte ihm den Eintritt in die rechtsextreme NPD nahe.[11]
Im Mai 2010 gab Kramer der Zeitschrift Focus ein Interview, in dem er deutschen Medien versteckten und offenen Antisemitismus vorwarf.[12] Die Kritik wurde von den Chefredakteuren des Tagesspiegels und der Jungen Welt zurückgewiesen.[13]
An Jom Kippur 2012 wurde Kramer, der in Berlin mit seinen Kindern auf dem Weg zur Synagoge war, aufgrund seines Machsors von einem Passanten als Jude erkannt und bedroht.[14]
Im Oktober 2012 bekräftigte Kramer in der Debatte um die religiös motivierte Zirkumzision die offizielle Position des Zentralratspräsidiums, wonach das in der jüdischen Religionsgemeinschaft als Brit Mila bezeichnete Ritual als religiös konstitutives, körperlich sichtbares Siegel des Bundes mit Gott und dessen ritueller Vollzug am achten Tag nach der Geburt für einen männlichen Juden nicht zur Disposition stehe, äußerte jedoch Zweifel an manchen zur Untermauerung dieser Position vorgebrachten Argumenten und beklagte, dass durch die aggressiv und intolerant geführte Beschneidungsdebatte die eigenen Traditionen kaum überdacht werden könnten.[15]
Zum 31. Januar 2014 schied Kramer auf Grund inhaltlicher Differenzen innerhalb des Zentralratspräsidiums z. B. hinsichtlich des NPD-Verbotsverfahren aus dem Amt des Generalsekretärs aus.[16] Danach engagierte er sich zunächst wieder stärker in der Jüdischen Gemeinde zu Berlin und unterstützte den Ansatz, diese zu einem Landesverband auszubauen.[17] Anschließend brachte er sich von 2014 bis 2015 bei der Deutsch-Israelischen Gesellschaft als Präsidiumsmitglied und Schatzmeister ein.
Das Amt des Präsidenten war zuvor seit Juli 2012 vakant gewesen, da der bisherige Inhaber Thomas Sippel nach dem Bekanntwerden des Behördenskandals um die rechtsextreme Terrorgruppe Nationalsozialistischer Untergrund (NSU) zurückgetreten war. Der Thüringer Verfassungsschutz hatte besonders in den 1990er Jahren eine große Zahl von V-Leuten in Schlüsselpositionen der rechtsextremen Szene geführt und diese mit großzügigen finanziellen und logistischen Hilfen ausgestattet. Dadurch wurde die Szene gestärkt und radikalisierte sich unter den Augen der Behörde, ohne dass diese ausreichend eingriff oder Kontrolle ausübte. Zudem tauchten drei von V-Leuten umgebene Rechtsextreme, die späteren NSU-Terroristen Uwe Mundlos, Uwe Böhnhardt und Beate Zschäpe, 1998 in den Untergrund ab, ohne dass der Verfassungsschutz sie trotz intensiver Überwachung lokalisierte. Die taz sprach daraufhin von Kramers „überraschender“ Berufung als dem größtmöglichen Bruch mit der Behördentradition und nannte Kramer einen „maximalen Reformer“.[21] Im März 2016 kündigte Kramer an, seine Behörde werde den Einsatz von V-Leuten als ultima ratio wieder einführen, weil anders nicht an wesentliche Informationen zu gelangen sei. Er wurde dafür von Vertretern der rot-rot-grünen Regierungsfraktionen im Landtag kritisiert, weil die Regierung Ramelow nach dem Versagen des V-Mann-Wesens im NSU-Komplex beschlossen hatte, die Führung von V-Personen auszusetzen. Der Thüringer Verfassungsschutz galt nach dieser Entscheidung unter den weiteren Inlandsnachrichtendiensten der Länder und des Bundes als isoliert.[22]
Die AfD Thüringen strengte im Jahr 2019 aufgrund der durch das Thüringer Amt für Verfassungsschutz öffentlich verkündeten Einstufung der Partei als Prüffall ein Organstreitverfahren vor dem Thüringer Verfassungsgerichtshof an. In der Klageschrift wurde auch das Verhalten von Kramer angeführt, der die Einstufung als Präsident zu verantworten hat und sich zudem in zeitlicher Nähe zu einem Landesparteitag der AfD in einem Interview über den späteren Spitzenkandidaten der AfD Thüringen, Björn Höcke, kritisch äußerte. Kurze Zeit vor der mündlichen Verhandlung vor dem Verfassungsgerichtshof wurde der Presse eine E-Mail des damaligen Referatsleiters für Rechtsextremismus zugespielt, in der dieser angibt, dass bei der Einstufung der AfD als Prüffall das fachlich zuständige Referat für Rechtsextremismus auf ausdrückliche Weisung Kramers übergangen worden sein soll.[23] Die mündliche Verhandlung fand am 11. September 2019 statt, die Entscheidung des Gerichts wurde im November desselben Jahres bekanntgegeben. Der Antrag wurde aus formellen Gründen abgewiesen, da sich ein Organstreitverfahren nur gegen Verfassungsorgane oder gleichwertige Institutionen richten kann, wozu das Landesamt für Verfassungsschutz laut Gericht nicht gehöre. Inhaltlich wurde die Klage der AfD nicht geprüft.[24][25]
Im April 2020 war Kramer für den Wahlkreis 192 (Ilm-Kreis, Landkreis Gotha) als Direktkandidat der SPD bei der Bundestagswahl 2021 aufgestellt worden, zog die Kandidatur aber zurück. Hintergrund war die Einstufung der AfD durch den Thüringer Verfassungsschutz als gesichert extremistisch. Diese hatte Kramers Kandidatur daraufhin scharf kritisiert. Durch den Verzicht auf die Kandidatur wollte Kramer auch das Landesamt für Verfassungsschutz und dessen Bedienstete davor schützen, „weiter zur unbegründeten Zielscheibe von Gegnern unserer freiheitlich-demokratischen Grundordnung zu werden“.[26]
Kramer warf Hans-Georg Maaßen im Juni 2021 die Verwendung „antisemitischer Stereotype“ vor. Er verwende „doppeldeutige Begriffe“, wie bereits vom Thüringer AfD-Chef Björn Höcke bekannt. Abgeordnete von CDU und AfD forderten daraufhin die sofortige Entlassung Kramers wegen fehlender politischer Neutralität.[27]
Mit Johannes Heil (Hrsg.): Beschneidung: das Zeichen des Bundes in der Kritik. Zur Debatte um das Kölner Urteil. Metropol, Berlin 2012, ISBN 978-3-86331-098-1.