Messmer besuchte von 1932 bis 1937 die Volksschule in Espasingen und daran anschließend das Suso-Gymnasium in Überlingen am Bodensee. Nach eigenen Angaben wurde Messmer im Januar 1943 als Luftwaffenhelfer in Friedrichshafen eingesetzt, gefolgt vom Reichsarbeitsdienst im November 1943, den er in einer Munitionsfabrik in Haid-Trochtelfingen ableistete. Im Februar 1944 erfolgte Messmers Einberufung zur Wehrmacht. Seiner Infanterie-Ausbildung in Konstanz schloss sich im April 1944 die Offiziersausbildung an der Offiziersschule Schwäbisch Gmünd an. Als Offizier geriet er 1944 bei der Ardennenoffensive in amerikanische Kriegsgefangenschaft, aus der er 1947 entlassen wurde.[1]
Ab 1947 besuchte Messmer die kaufmännische Berufsschule in Radolfzell und schloss seine Lehre zum Industriekaufmann nach verkürzter Ausbildungszeit vor der Industrie- und Handelskammer in Konstanz ab. Messmer gründete bereits im Jahre 1949, zusammen mit seiner späteren Frau Erika und einem Meister, die Werner Messmer & Co. in Radolfzell, eine Spezialfabrik für elektrische Autoschalter. Bis ins Jahr 1971 hatte diese über 1000 Mitarbeiter und Zweigstellen in Gailingen, Gottmadingen und Böhringen. Ferner verfügte Messmer über Unternehmensbeteiligungen bzw. -Partnerschaften in Mexiko und Brasilien, wo gleichnamige Autoschalter für die Volkswagen AG produziert wurden.
Werner Messmer engagierte sich über viele Jahre für gemeinnützige Einrichtungen, Vereine, Schulen, Kindergärten und Kirchen. 1997 verlieh ihm die Stadt Radolfzell die Ehrenbürgerwürde. Gemeinsam mit seiner im Jahre 2014 verstorbenen Frau Erika Messmer gründete Werner Messmer diverse Stiftungen, die vielfältige soziale, caritative und wissenschaftliche Projekte unterstützen und finanzieren, so z. B. einen Kindergarten und ein Klinikum, die nach Messmer benannt wurden, und den seit 2020 verliehenen Wissenschaftspreis der Universität Konstanz[2] für Postdoktoranden.
Ende 2016 gab die Werner und Erika Messmer-Stiftung bekannt, dass gegen Werner Messmer 2007 von der StaatsanwaltschaftBochum ein Verfahren wegen Steuerhinterziehung in „besonders schwerem Fall“ eingeleitet wurde, nachdem 2006 die SteuerfahndungWuppertal infolge eines Steuer-CD-Ankaufs des Landes Nordrhein-Westfalen auf Werner Messmer aufmerksam geworden war. Demnach habe Messmer zwischen 2000 und 2004 Kapitalerträge aus einem Liechtensteiner Konto („Stiftung“) hinterzogen; zudem war die Frist für eine Selbstanzeige abgelaufen. Die geforderte Steuernachzahlung belief sich auf 513.000 Euro. Zur „Erlangung der Strafbefreiung“ leistete Messmer darüber hinaus eine Zahlung in Höhe von 500.000 Euro, wodurch das Strafverfahren 2010 eingestellt wurde.[3]
