Yhtiön perustamisvaiheessa mukana oli myös sijoittajia, mutta pörssimaailman innostus hiipui pian. Osakkeen arvo oli maaliskuussa 1983 23 dollaria, mutta puolitoista vuotta myöhemmin enää viisi dollaria. Tieteellisen työn ja liike-elämän yhdistäminen oli yrityksen perustajille vaikeaa; Harvard vaati hallituksen puheenjohtajana toiminutta Gilbertiä valitsemaan yrityksen ja yliopiston välillä. Gilbert valitsi yrityksen, mutta sen rahoittajat valittivat hänen käyttäytyvän kuin yrityksen pääoma olisi tutkimusapuraha. 1984 Gilbert jätti yrityksen ja palasi Harvardiin.[2]
Vuonna 2003 Biogen fuusioitui sandiegolaisen IDEC Pharmaceuticals -yhtiön kanssa, jonka olivat vuonna 1986 perustaneet Ivor Royston ja Howard Birndorf. Yritys käytti sen jälkeen nimeä Biogen Idec, kunnes nimi lyhennettiin taas muotoon Biogen.
