Antiikin aikana Zeila tunnettiin nimellä Alaviten. Nykyistä nimeä siitä on käytetty ainakin vuodesta 891, kun arabimaantieteilijä Al-Yaqubi mainitsee kaupungin kirjassaan. Zeilan merkityksen tärkeänä satamakaupunkina tuovat esille arabitieteilijät Abu Abdillah Muhammad al-Idrisi ja Ibn Said al-Maghribi, jotka kertovat Zeilan olevan etiopialaisten hallitsema orjakaupan keskus 1200-luvulla.
Zeilan historiallisia raunioita
Zeilan merkitys kaupankäynnissä kasvoi myöhemmin ja 1500-luvulla se hallitsi orjien lisäksi kahvin, kullan ja strutsin sulkien kauppaa Lähi-itään, Kiinaan ja Intiaan. Kaupunki kehittyi myös alueen islamin uskon keskukseksi. Se kohosi lopulta oman Adalin sulttaanikuntansa pääkaupungiksi. Vuosien 1560–1660 välillä etiopialaisten sotaretket tuhosivat Zeilan ja Berberasta tuli alueen tärkein keskus.[2]
Osmanit liittivät pian tämän jälkeen sekä Zeilan että Berberan hallintaansa[3]. Osmanien valtakunnasta itsenäistynyt Egypti sai haltuunsa samat alueet osmaneilta[4]. Englanti liitti pian kuitenkin Somalimaan alueen imperiumiinsa, sillä se halusi turvata Adenin laivastotukikohtaansa. Aden sai Zeilasta ja Berberasta ravintovaroja ja nämä kaupungit perustivat koko kauppansa Adenin kysynnälle[5].
Sisällissota, joka riehui alueella vuoteen 1996 aiheutti paljon tuhoja ja monet asukkaat pakenivat Djiboutiin. Sen jälkeen, kun Somalimaa julistautui itsenäiseksi, olot alueella ovat vakiintuneet. Monet entiset asukkaat ovat myös palanneet takaisin.
