Comme ses frères, il occupe de grandes responsabilités et est nommé gouverneur et administrateur de l'ordre d'Aviz par le pape Eugène IV en 1434. Mais contrairement à eux, il ne participe pas à la fameuse prise de Ceuta par les Portugais en 1415. Il reste longtemps le seul de la famille à ne pas avoir bataillé en terre africaine. À la mort de son père, il défend auprès de son frère l'idée de nouvelle croisade en terre musulmane. Édouard Ier finit par céder. Le Portugal décide d'envahir Tanger.
Ferdinand embarque malgré la maladie. Les Portugais subissent une lourde défaite. Contraints de négocier leur retraite avec les Maures, ils acceptent de leur abandonner Ferdinand comme garantie. Les Maures exigent entre autres la restitution de Ceuta.
Ferdinand reste donc prisonnier en compagnie de sept de ses serviteurs. Le pays se divise quant au respect du traité de paix qui se résume à rendre Ceuta ou accepter de faire de Ferdinand un martyr. Malgré les négociations, Ferdinand meurt en captivité à Fès en juin 1443 après quinze mois de détention. Le gouverneur de Tanger le fait suspendre aux murailles de la ville. Ses serviteurs recueilleront son cœur et ses entrailles qui seront conservées à Batalha.
Sa mort en captivité suscite une grande émotion dans les cours européennes. Les malheurs de ce prince sont le sujet d'un grand nombre de légendes, parmi lesquelles la Chronique du père Jérôme Ramas, publiée à Lisbonne en 1577.
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