Après la fin de la guerre, en 1946, John Harsanyi retourne à l'université de Budapest en vue d'obtenir un doctorat en philosophie, avec des options en sociologie et en psychologie. Il écrit sa thèse de doctorat en seulement une année, et obtient son doctorat en juin 1947. Étant à l'époque un fervent catholique, il étudie simultanément la théologie, et devient un lai de l'ordre des dominicains. Plus tard, il abandonnera le catholicisme, devenant définitivement athée[3].
De à , John Harsanyi travaille comme professeur à la Faculté de l'Institut de sociologie de l'université de Budapest, où il rencontre Anne Klauber, sa future épouse, alors étudiante en psychologie.
Exprimant ouvertement ses opinions anti-marxistes, on le force à abandonner la Faculté en 1948. Pour cette raison (l'expression des opinions anti-marxistes de John Harsanyi), Anne Klauber fait également face à une pression croissante de ses camarades de classe communistes lui enjoignant de rompre avec lui, ce qu'elle ne fait pas.
Durant les deux années suivantes, John Harsanyi tente de vendre la pharmacie familiale pour ne pas la laisser aux autorités communistes staliniennes. En avril 1950, il devient cependant évident que les autorités communistes vont confisquer la pharmacie, et John Harsanyi fuit avec Anne Klauber et les parents d'Anne, en traversant illégalement la frontière avec l'Autriche dans une zone marécageuse, puis en rejoignant l'Australie où les parents d'Anne Klauber ont des amis[2],[3],[6].
John Harsanyi et Anne Klauber ne se marient pas avant d'arriver en Australie pour des raisons administratives : s'ils s'étaient mariés, les documents pour l'immigration d'Anne Klauber auraient dû être modifiés pour refléter le changement d'état civil. Les parents d'Anne Klauber, Anne Klauber et John Harsanyi arrivent donc en Australie le . John et Anne se marient très rapidement, le ; parlant très peu l'anglais, ils comprennent à peine ce qu'on leur demande de se dire l'un à l'autre pendant la cérémonie. Plus tard, John Harsanyi explique à sa nouvelle épouse qu'elle avait promis de cuisiner mieux qu'elle ne le faisait auparavant[6].
L'anglais de John Harsanyi n'étant pas très bon, et ses diplômes hongrois n'étant pas reconnus en Australie, il doit travailler le jour dans une usine tout en suivant les cours du soir de l'université de Sydney en économie. Ses diplômes hongrois lui permettent tout de même d'obtenir quelques équivalences, ce qui raccourcit son cursus à deux années pour obtenir une maîtrise en sciences économiques auprès de l'université de Sydney fin 1953.
John Harsanyi a commencé des recherches sur l'éthique utilitariste pendant qu'il était à Brisbane. Il a publié deux articles expliquant que, avant de comprendre les problèmes moraux, les différences entre préférences personnelles et préférences morales des gens doivent être distinguées[6].
Ce n'est qu'après les publications de Nash sur la théorie des jeux que John Harsanyi s'est intéressé de plus en plus au sujet[6].
(en) Autobiographie sur le site de la fondation Nobel (le bandeau sur la page comprend plusieurs liens relatifs à la remise du prix, dont un document rédigé par la personne lauréate — le Prize Lecture — qui détaille ses apports)