Nei't generaal John Buford, de kommandant fan 'e 1e Difyzje fan it Kavalerykorps fan it Leger fan de Potomac, yn desimber1863 oan búktyfus stoarn wie, naam Merritt syn befel oer, mei't Buford syn plakferfanger, brigadegeneraal Alfred Torbert, lange tiid yn detasjearre tsjinst wie. Sadwaande hie Merritt, as ûnderbefelhawwer fan 'e difyzje, yn 'e praktyk it befel oer de ienheid ûnder de Oerlânske Kampanje fan 1864. Dêrby focht er û.m. yn 'e grutte Slach by Yellow Tavern tsjin 'e Konfederearre kavalery.
Yn juny1865 waard Merritt oansteld as befelhawwer fan 'e kavalery yn 'e militêre Difyzje fan it Súdwesten, fannijs ûnder Sheridan, as ûnderdiel fan 'e Noardlike besettingsmacht yn it fersleine Suden. Dêrfoar marsjearre er mei syn 1e Kavalerydifyzje fan Shreveport, yn Louisiana, nei San Antonio, yn Teksas, in tocht fan goed 965 km dy't er yn 33 dagen ôflei. Yn jannewaris1866 waard Merritt, fanwegen in oerskot oan ofsieren doe't it Amerikaanske Leger yn fredestiid ôfslanke waard, weromset nei de rang fan kaptein.
Yn 1898 focht Merritt ûnder de Spaansk-Amerikaanske Oarloch yn 'e Filipinen, dy't doedestiden noch in Spaanskekoloanje foarmen. Nei't admiraalGeorge Dewey de Spaanske marine útskeakele hie yn 'e Slach yn de Baai fan Manilla, waard Merritt yn juny oan it haad fan Amerikaanske 8e Legerkorps oan lân set op it Filipynske haadeilân Luzon. Hy begûn daliks tariedings te meitsjen foar de ferovering fan Manilla, mar die dat bûten de wittenskip fan Emilio Aguinaldo, de lieder fan 'e Filipynske rebellen, om. De Amerikanen wiene nammentlik net fan doel om ta te stean dat de Filipinen ûnôfhinklik waarden, en woene dêrom net dat de rebellen, dy't yn 'e striid tsjin 'e Spanjerts harren bûnsgenoaten wiene, Manilla yn 'e macht krigen.
Yn 'e mande mei Dewey bewurkmastere Merritt dat de Spaanske gûverneur-generaalFermín Jáudanes himsels en it Spaanske garnizoen oerjaan soe nei in symboalysk ferset. Sadwaande foel de stêd op 13 augustus ûnder de Slach om Manilla flot yn Amerikaanske hannen. Neitiid tsjinne Merritt fan 14 oant en mei 28 augustus as de earste Amerikaanske gûverneur fan 'e Filipinen. Syn iere ôflossing wie sadat er as adviseur oan 'e Amerikaanske delegaasje tafoege wurde koe, dy't mei de Spanjerts it Ferdrach fan Parys sleat, wêrmei't de Spaansk-Amerikaanske Oarloch beëinige waard.