Á morte do seu pai o 4 de xuño de1039, converteuse no único gobernador do reino e en 1046 foi coroado emperador en Roma polo papa Clemente II. Enfrontouse a Hungría, que se converteu no seu feudo ao expandir a fronteira dos seus dominios ata o río Leitha. Tamén loitou contra os duques para manter o poder imperial.
Henrique tiña un longo pelo e barba negra, de onde probabelmente lle vén o alcume de "o Negro".
Comezos
Henrique naceu no 1017, fillo de Conrado o Sàlico e de Xisela de Suabia. En 1024 o seu pai foi elixido rei de Alemaña, e desde entón Henrique recibiu unha ampla formación e foi preparado para o suceder no trono. O seu pai incluíuno entre os seus conselleiros e deulle responsibilidades de goberno. Á morte de Henrique V de Baviera, en 1027, foi nomeado duque de Baviera (como Henrique VI), e á morte de Herman IV de Suabia en 1038, recibiu tamén o ducado de Suabia (como Henrique I).
Para asegurar o mantemento da súa dinastía, Henrique II nomeouno "rei dos romanos" (co-rei e sucesor) con só once anos. O arcebispo de Colonia coroouno en abril de 1028 en Aquisgrán, e os nobres aceptárono como herdeiro do trono.
Como parte dunha alianza con Canuto o Grande de Dinamarca, o seu pai casouno en 1037 coa súa filla, Gunilda de Dinamarca. Ao ano seguinte, a parella acompañou a Conrado II nunha campaña no sur de Italia, e durante a viaxe de volta, Gunilda morreu dunha epidemia que se estendeu entre o exército imperial.
Coa morte sen descendentes de Rodolfo III de Borgoña, Conrado II logrou incorporar o reino ao Imperio. No outono de 1038, Henrique foi nomeado rei de Borgoña polo seu pai.
En xuño de 1039 faleceu o seu pai Conrado II, e Henrique II foi recoñecido como herdeiro nos reinos de Alemaña, Borgoña e Italia.
Reinado
A primeira campaña militar de Henrique foi contra Bohemia, onde o duque Bretislao aproveitou a confusión despois da morte de Conrado para conquistar Polonia, saquear Cracovia e intentar consolidar un imperio baixo o seu dominio. Aínda que os primeiros enfrontamentos foron desfavorábeis para Henrique, ao final conseguiu facer entrar as tropas alemás en Bohemia por tres columnas: Messien, Baviera e Austria. Cando os exércitos chegaron a Praga Bretislao rendeuse e someteuse a Henrique, pagándolle unha compensación de 4.000 marcos de ouro. Desde entón Bretislao foi fiel a Henrique e estivo a miúdo na súa corte e nas súas campañas.
Máis tarde, interveu no reino de Hungría, que desde a morte do seu fundador Estevo I se atopaba en guerra civil entre os partidarios do sobriño e herdeiro de Estevo, Pedro Orseolo, e os que se opuñan á súa orientación cristiá e á influencia alemá. Os rebeldes deron feito a expulsar a Pedro en 1041, pero en 1044 Henrique derrotounos á beira do Raba e restituíu a Pedro. Para celebrar a vitoria, Henrique vestiuse de penitente e cruzou o campo de batalla descalzo para se ir axeonllar ante un anaco da vera cruz e cantar o Kýrie eleison. Despois perdoou aos seus inimigos e invitou aos seus soldados a facer o mesmo.
Aínda que a situación en Hungría continuaba a ser caótica e en 1044 Pedro Orseolo morrería a mans dos rebeldes pagáns, sucedeuno outro membro da dinastía ArpadAndré I de Hungría que aceptou a supremacía do emperador e continuou defendendo o cristianismo.
Despois de loitar contra as insurreccións en Lorena, Henrique desprazouse a Italia. A situación en Roma era caótica debido á corrupción da curia, o que levou a que houbese tres papas vivos ao mesmo tempo: o papa Bieito IX fora expulsado por un levantamento popular. Grazas aos subornos feitos pola súa poderosa familia, o papa Silvestre III chegou ao papado, pero foi expulsado cando volveu Bieito IX. Pero Bieito, sen vocación polo cargo e desexando casar, cedeu o papado a Gregorio VI a cambio dunha importante cantidade de diñeiro. As cousas complicáronse cando Bieito quixo recuperar o cargo, polo que con Silvestre había tres papas rivais: un con sede en San Pedro no Vaticano, outro en Santa María Maior e outro en San Xoán de Latrán.
Nun concilio en Sutri, Henrique impuxo a elección dun novo papa para acabar co cisma. Escolleu o alemán Clemente II, cuxo primeiro acto foi coroar ao emperador e investilo patricio dos romanos, co poder de nomear papas que ata entón ostentara a nobreza romana. Henrique non utilizou a nova atribución, xa que Clemente morreu ao ano seguinte. Todos os papas que Henrique nomeou para sucedelo eran alemáns e reformistas.
Morreu en 1056 e sería sucedido polo seu fillo Henrique IV, de seis anos, baixo a rexencia da súa nai Inés de Aquitania.
Hagen Keller: Zwischen regionaler Begrenzung und universalem Horizont. Deutschland im Imperium der Salier und Staufer 1024 bis 1250 (= Propyläen-Geschichte Deutschlands. Bd. 2). Propyläen-Verlag, Berlin 1986, ISBN 3-549-05812-8(en alemán).
Jan Habermann (Hrsg.): Kaiser Heinrich III. Regierung, Reich und Rezeption (= Beiträge zur Geschichte der Stadt Goslar/Goslarer Fundus. Bd. 59). Verlag für Regionalgeschichte, Bielefeld 2018, ISBN 978-3-7395-1159-7. (en alemán).
Gerhard Lubich, Dirk Jäckel (Hrsg.): Heinrich III. Dynastie – Region – Europa (= Forschungen zur Kaiser- und Papstgeschichte des Mittelalters. Bd. 43). Böhlau, Köln u. a. 2018, ISBN 978-3-412-51148-7(en alemán).
Johannes Laudage: Heinrich III. (1017–1056). Ein Lebensbild. In: Das salische Kaiser-Evangeliar, Kommentar Bd. 1. Herausgegeben von Johannes Rathofer. Verlag Bibliotheca Rara, Madrid 1999, pp. 87–145 (en alemán).
Ernst Steindorff: Jahrbücher des Deutschen Reichs unter Heinrich III. 2 Bände. Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Darmstadt, 1963, ND von 1874 und 1881 (bislang einzige Biographie Heinrichs III (en alemán).