Presentata come prototipo nel 2014, il debutto è avvenuto a metà stagione del campionato del mondo rally 2015 in occasione del Rally del Portogallo[3], questa vettura si è rivelata di grande successo nel Campionato Mondiale Rally nella Classe 2, vincendo 14 eventi tra il 2015 e il 2016. Il pilota Esapekka Lappi ha ottenuto nel 2016 il titolo piloti con 4 vittorie e la Škoda Motorsport ha vinto la classifica costruttori nelle edizioni 2015 e 2016.
Nel 2019 è stata omologata la nuova versione, la Škoda Fabia R5 EVO, rivisitando alcune parti della macchina come l'alettone e specchietti in carboni, paraurti anteriore e posteriore per migliorare l'aerodinamica della macchina, pinze e freni forniti da Alcon e non più da Brembo, l'erogazione del motore migliorata e soprattutto sono stati fatti miglioramenti sull'affidabilità della macchina.