Kafantaris inizia la sua carriera come membro di governo il 9 gennaio 1919 quando entra nel governo di Eleutherios Venizelos come Ministro dell'Agricoltura ma il 4 febbraio 1920 si dimette a seguito di divergenze con Venizelos.
Dopo le elezioni del 1920 Kafantaris lascia il suo Paese e si stabilisce prima in Francia e poi in Italia. Farà il suo ritorno in Grecia dopo la fine della guerra greco-turca.
Il 19 febbraio 1924 il primo ministro Venizelos è costretto a dimettersi per problemi di salute e nomina Kafantaris suo successore. Dopo quasi un mese tuttavia, il 12 marzo, Kafantaris è vittima di un tentativo di omicidio e si dimette lasciando la carica di primo ministro a Alexandros Papanastasiou.
Dopo la fine della dittatura di Theodoros Pangalos Kafantaris ricoprirà varie volte la carica di Ministro delle Finanze.
1Capo di governo militare/dittatoriale. 2Capo di un governo che non controllava Atene. 3Capo di governo di emergenza. 4Capo del governo collaborazionista durante l'occupazione dell'asse.