La fase di qualificazione della UEFA Europa League 2020-2021 si è disputata tra il 18 agosto e il 24 settembre 2020. Hanno partecipato a questa prima fase della competizione 213 club: 36 di essi si sono qualificati al successivo turno di spareggi, composto da 42 squadre. A causa del ritardo dell'avvio della competizione dovuto alla pandemia di COVID-19 i quattro turni di qualificazione si sono giocati in turno unico e la squadra che ha giocato in casa è stata decisa dal sorteggio. Tutti gli incontri si sono disputati a porte chiuse.
Il Percorso Campioni comprende tutte le squadre vincitrici dei rispettivi campionati di lega che vengono eliminate dalla fase di qualificazione della Champions League, così suddivise:
Il percorso Piazzate comprende tutte le squadre vincitrici delle coppe di lega e quelle che non si qualificano direttamente per la fase a gironi, così suddivise:
Fase preliminare (16 squadre): 16 squadre qualificate a questo turno.
Primo turno di qualificazione (94 squadre): 86 squadre direttamente qualificate a questo turno e 8 vincitrici del turno preliminare.
Secondo turno di qualificazione (72 squadre): 25 squadre direttamente qualificate a questo turno e 47 vincitrici del primo turno di qualificazione.
^La partita, originariamente prevista per il 27 agosto, è stata rinviata al 9 settembre a causa della positività al SARS-CoV-2 di cinque giocatori del Željezničar e il conseguente provvedimento di quarantena per la squadra deciso dalle autorità israeliane.
^La partita, originariamente prevista per il 27 agosto a Tallinn, è stata rinviata al 10 settembre e spostata in campo neutro in Ungheria a causa della positività al SARS-CoV-2 di un giocatore per entrambe le squadre e il conseguente provvedimento di quarantena per le squadre deciso dalle autorità estoni.
^La partita, iniziata il 17 settembre 2020 alle ore 19:00 CEST, è stata sospesa dopo 23 minuti per il forte vento e la rottura di un proiettore dello stadio. È stata ripresa il giorno successivo alle ore 09:00 CEST.