Eroe della Repubblica Democratica Tedesca Eroe del Lavoro della Repubblica Democratica Tedesca (2) Ordine di Karl Marx (4) Ordine della Bandiera del Lavoro di III Classe Ordine al merito per la Patria in Oro Ordine di Lenin
Dopo la morte di Walter Ulbricht nel 1973 Stoph divenne Presidente del Consiglio di Stato e, quindi, coordinatore del collegio dei capi di Stato della RDT. Dopo le elezioni della Volkskammer nel 1976, lo stato e la struttura leadership del partito venne rimpastata, e Stoph divenne ancora una volta Presidente del Consiglio dei ministri.
Come Primo Ministro, Stoph iniziò una serie di negoziati con il cancelliere tedesco occidentale Willy Brandt nel 1970. Questo segnò la prima riunione tra i leader della Germania Est e della Germania Ovest. I socialisti in Germania consideravano Stoph una persona di distaccata austerità, di disciplina militare e di lealtà decisione al limite. Inoltre, fu soprannominato il Prussiano Rosso.
Die Wende nella RDT
Dopo la cacciata di Erich Honecker nell'ottobre 1989 Stoph e tutti i 44 membri del suo gabinetto si dimisero il 7 novembre, in risposta alle pressioni dell'opinione pubblica. L'8 novembre il Comitato Centrale della SED nominò Hans Modrow in sostituzione di Stoph e il 17 novembre Willi Stoph venne rimosso come membro del Consiglio di Stato e venne espulso dalla Volkskammer. Il 3 dicembre, è stato escluso dal Comitato Centrale della SED. Come tutti i membri del Politiburo della SED ha dovuto lasciare la sua residenza privata di Wandlitz. L'8 dicembre fu aperta dalla Procura Generale della Germania, un'indagine con l'accusa di abuso d'ufficio e corruzione introdotta a scapito dell'economia nazionale e dell'arricchimento personale, venendo arrestato. A novembre fu scoperto un casinò di caccia, nel bel mezzo di una riserva naturale sul Müritz. Nel febbraio 1990 però, è stato rilasciato per motivi di salute dal carcere e ha cercato asilo politico per entrare in Unione Sovietica. La leadership di PCUS, tuttavia, non rispose alla sua richiesta.
Procedimenti giudiziari dopo Die Wende
Nel maggio 1991 Willi Stoph fu collegato con le morti al Muro di Berlino e fu arrestato. Per motivi di salute, venne eseguita una cauzione nell'agosto 1992 e dal 14 agosto 1992 venne respinta la custodia cautelare. Nel mese di novembre il Tribunale regionale di Berlino aprì il primo processo contro Stoph e altri cinque ex dirigenti della Germania Est. Nel giugno 1993 il caso contro Stoph fu definitivamente interrotto a causa di inidoneità. Nel 1994 un tribunale di Berlino decise di non restituirgli i suoi risparmi, che ammontavano a 200.000 marchi, sequestrati a causa del reato contestatogli.
Stoph è morto a Berlino il 13 aprile 1999, è sepolto a Wildau nel cimitero della foresta.