Olli var Arbeiderpartiets presidentkandidat ved sametingsvalget i 2005. 26. september2007 ble Egil Olli valgt til sametingspresident, etter at det parlamentariske grunnlaget for Norske Samers Riksforbunds president Aili Keskitalo forsvant etter en konflikt mellom NSR og varapresident Johan Mikkel Sara.
Ved sametingsvalget 2009 ble han valgt inn på Sametinget for perioden 2009-2013. 25. februar2010 besluttet Sametingets plenumsmøte at sametingsrådets medlemmer skal tre ut av Sametingets plenum, og bli erstattet av sine varamedlemmer. Ronny Wilhelmsen overtok da Egil Ollis plass som sametingsrepresentant.[1]