Na cara został obrany (przez Sobór Ziemski albo reprezentacją stanów)[2]. Car Aleksy objął rządy w wieku 16 lat, był bardzo pobożny, dbał o splendor swego dworu, lecz nie radził sobie w sprawach gospodarczych. Przyznawał ulgi handlowe szybko bogacącym się kupcom i bojarom oraz przywileje dla duchowieństwa. Z drugiej strony wydany przez niego w 1649 roku kodeks sądowy, Ułożenie soborowe[3], wprowadził ostre kary za najmniejsze przestępstwa, a chłopi zostali w pełni podporządkowani i uzależnieni od feudalnych właścicieli ziemskich. Spośród zmian, dla ludności miejskiej bardzo uciążliwe było podwyższenie podatku od soli, w rezultacie którego doszło do szerokich wystąpień chłopstwa i miast przeciwko bojarom i władzom państwowym. Na skutek największego z nich, zwanego "buntem solnym" car musiał wycofać się z części swych decyzji.
W 1654 Rosja zawarła w Perejasławiuunię z Ukrainą, kierowaną przez hetmanaBohdana Chmielnickiego. Było to równoznaczne z rozpoczęciem nowej wojny polsko-rosyjskiej. Wojska rosyjskie zajęły wtedy Smoleńsk, całą Białoruś i część Litwy z Wilnem. Lecz zaraza, panująca w Rosji i napaść Szwedów na Rzeczpospolitą, spowodowały wstrzymanie walk rozejmem w Niemieży, po czym także Rosja rozpoczęła wojnę ze Szwecją. Prowadzona ona była jednak ospale, zakończyła się rozejmem w 1658. Po odejściu Szwedów z Rzeczypospolitej i uznaniu przez hetmana Iwana Wyhowskiego jej zwierzchnictwa nad Ukrainą, car Aleksy wznowił wojnę z Polską. Zakończył ją dopiero rozejm andruszowski w 1667, w którym ostatecznie przyznane zostały Rosji ziemie smoleńskie, czernichowskie i siewierskie oraz cała Ukraina Zadnieprzańska wraz z Kijowem.
Z powodu ogromnej żarliwości religijnej i częstych modlitw nazywany był „najcichszym”[4]. Pod wpływem koterii ze swojego otoczenia zwanej „kółkiem krzewicieli pobożności” (do którego należał m.in. patriarcha Nikon) Aleksy wprowadził zakaz używania instrumentów muzycznych, palenia tytoniu, organizowania „haniebnych przedstawień i zabaw”, przeklinania i picia alkoholu, potępił rozwiązłość seksualną i zwolnił z dworskiej służby karłów, nakazując również spalenie na stosie na Placu Czerwonym lutni jako „diabelskich” instrumentów[5]. W grudniu 1664 postanowił, że od tej pory każdy musi stosować nowe zasady obrządku prawosławnego według reform wprowadzonych przez Nikona, a niepokorni mieli być karani śmiercią. Wyroki wykonywano zwykle przez spalenie żywcem. Gdy księżna Jewdokija Urusowa i szlachcianka Fieodosija Morozowa (szwagierka Borisa Morozowa) odmówiły podporządkowania się, zostały wygnane, uwięzione, poddane torturom, a po odmowie przeżegnania się w nowy sposób zagłodzone na śmierć na polecenie Aleksego. Przywódca staroobrzędowców Awwakum Pietrow został zesłany, a jego żonę i dzieci na jego oczach pogrzebano żywcem[6].
W latach 1668–1671 miały miejsce w Rosji liczne bunty i powstania chłopskie, wzniecane przeciwko pańszczyźnianemu uciskowi ze strony wielkich właścicieli ziemskich. Największy, pod przywództwem Stiepana Razina, miał charakter wojny chłopskiej, objął tereny nad dolnym Donem i prawie całe Powołże, trwał dwa lata. Zakończył się rozbiciem przez regularne wojska carskie i ciężkimi represjami wobec opozycji chłopskiej. Był kandydatem do korony polskiej w czasie elekcji 1674 roku, popierany przez Michała i Krzysztofa Paców, marszałka wielkiego litewskiego Hilarego Połubińskiego, wojewodę trockiego Marcjana Ogińskiego i wojewodę witebskiego Antoniego Chrapowickiego[7].
Po śmierci cara Aleksego rządy w Rosji przejął jego najstarszy pośród żyjących syn, Fiodor III (1676–1682).
Rodzina
16 stycznia?/26 stycznia1648 car poślubił Marię Miłosławską córkę Ilji Daniłowicza Miłosławskiego[8]. Małżeństwo było udane. Para doczekała się trzynaściorga dzieci: pięciu synów (dwóch późniejszych carów Fiodora III i Iwana V) i ośmiu córek[9]. Drugą żoną Aleksego została Natalia Naryszkina córka bojara Kiriłła Połujektowicza Naryszkina, którą car poślubił 22 stycznia?/1 lutego1671. Z tego związku narodziła się trójka dzieci: syn – późniejszy car Piotr I Wielki i dwie córki[9].