Jako trzeci syn został przeznaczony do stanu kapłańskiego. Został wychowany przez jezuitów. W 1565 roku rozpoczął swoją karierę, został kanonikiem w Salzburgu. Następnie służył w Kolonii, Trewirze, Würzburgu. W wieku dwunastu lat został wybrany biskupemFryzyngi. Ojciec chciał, aby syn został również biskupem Salzburga, jednak gdy w 1569 rozpoczęły się starania o usunięcie arcybiskupa Kolonii i elektora Rzeszy Salentina Isenburg-Grenzau Albrecht zgłosił syna jako potencjalnego następcę. W 1570 roku na Sejmie Rzeszy w Spirze wydawało się, że Salentin zrzeknie się tytułu. Ernest udał się w 1571 roku do Kolonii. Jednak Salentin zmienił zdanie i nadal pozostawał elektorem i arcybiskupem. W wieku 19 lat został wybrany biskupem Hildesheim. Po nieudanej próbie obsadzenia Ernesta na katedrze Münster ponownie rozpoczęto starania o arcybiskupstwo Kolonii. Wiosną 1574 roku Ernest został wysłany do Rzymu gdzie miał odzyskać swoje powołanie, które w ostatnich latach słabło. Zdobył tam zaufanie papieża Grzegorza XIII. Papież obiecał wspierać karierę młodego biskupa. W 1577 roku Salentin zrezygnował z funkcji. Nowym arcybiskupem i elektorem Kolonii został wybrany w wyniku głosowania Gebhard Truchsess von Waldburg, który otrzymał 10 głosów, zaś Ernest jedynie dwa. Arcybiskup Kolonii był jednym z siedmiu elektorów Rzeszy. W tym czasie trzech spośród siedmiu elektorów było protestantami, istniała więc poważna groźba wybrania na kolejnego cesarza protestanta. W 1581 roku Ernest został wybrany na biskupa Liège. W 1583 roku książę elektor arcybiskup Gebhard Truchsess von Waldburg przeszedł na Protestantyzm. 22 maja1583 Ernest został arcybiskupem Kolonii, arcykanclerzem Włoch, księciem elektorem. Dwa lata później został wybrany biskupem Münster. Wspierał działania kontrreformacji. W 1595 roku mianował swojego bratanka Ferdynanda Wittelsbacha na biskupa koadiutora.
