Miejscowość ma metrykę średniowieczną i istnieje co najmniej od XIV wieku. Wymieniona w 1377 w dokumencie zapisanym w języku łacińskim jako de Malcze, 1379 de Malica, 1415 de Malcz, 1448 de Malcza, 1456 z Malce, 1457 Malyecz, 1470 Malecz[6].
Na początku XIV wieku wieś stanowiła własność szlachecką i należała w 1377 do Wrocha z Malcza, w 1379 Otta z Malcza, w latach 1415 (lub 1416)–1420 Paszka z Malcza herbu Wieniawa, w 1420 Wrocha z Malcza herbu Wieniawa, w latach 1441–1448 do dziedzica Jerzego z Malcza, a w 1456 do Jana Streckow z Malcza[6].
Wieś następnie przeszła w ręce książąt oświęcimskich, którzy zbudowali tutaj niewielki zameczek obronny. Odegrał on pewną rolę w okresie podjazdowych walk pomiędzy książętami, a rycerzami króla polskiego; później dostał się w ręce rycerzy rabusiów. W 1452 roku zamek zdobył Piotr Szafraniec, który osadził go swoją załogą złożoną ze 100 piechurów oraz 100 jeźdźców. Stacjonował w nim do momentu kiedy książę oświęcimski nie spłacił mu zaległego żołdu w wysokości 2000 złotych[7].
Miejscowość wymieniona została w dokumentach własnościowych, podatkowych i sądowych. W 1512 synowie zmarłego Jana Komorowskiego dwaj bracia Jan oraz Wawrzyniec Komorowscy ofiarowali swojej siostrze Katarzynie dobra maleckie jako wiano w wyniku czego staje się ona dziedziczką Malca[6]. Katarzyna wyszła za mąż za Zygmunta Jordana z Zakliczyna, a Malec oraz inne wsie od tego momentu stały się dziedzictwem ich synów: w latach 1553-64 wójta w Kętach Stanisława Jordana Maleckiego dziedzica Malca, Nowej Wsi, Hecznarowic oraz Kańczugi, a w 1581 dziedzica Malca Jakuba Jordana[6].
W 1630 roku właściciel Mikołaj Wolski przekazał Malec w testamencie ufundowanemu przez siebie wcześniej Klasztorowi Kamedułów w Bielanach.
Po rozbiorach Polski wieś znalazła się w zaborze austriackim. W 1784 r. cesarz Józef II odebrał wieś kamedułom i przekazał ją na "fundusz religijny". Miejscowość dwukrotnie wymienia XIX wieczny Słownik geograficzny Królestwa Polskiego (t. VI i XV) jako skład dóbr ostrożańsko-pobirkowskich[10]. W 1885 roku miejscowość liczyła 402 mieszkańców wyznania rzymskokatolickiego i dzieliła się na dwie części. Większa o obszarze 338 morg, w tym 249 morg roli, 9 morg łąk i ogrodów, 24 pastwisk i 56 morg lasu, należała do hrabiny Adeli Borkowskiej. Posiadłość mniejsza liczyła 431 morg, w tym 361 morg upraw, 21 morg łąk, 41 pastwisk oraz 8 lasu[7]. W 1889 roku wieś przeszła na własność hr. Jezierskiego. Zamieszkiwała ją ludność polska[10].
Zimą 1940 r. zorganizowano w okolicy podziemny ruch ludowy, wywodzący się z przedwojennych działaczy Stronnictwa Ludowego. Ukazywał się tu tajny tygodnik pt. "Wiadomości podziemia". W czerwcu 1941 r. zorganizowano we wsi przyobozową grupę Batalionów Chłopskich w celu niesienia pomocy więźniom KL Auschwitz-Birkenau. Kierował nią Wojciech Jekiełek, który pełnił obowiązki komendanta powiatowego BCh, po nim kierownictwo grupy przejął Kazimierz Jędrzejowski z pobliskiego Osieka, aresztowany i zagazowany w KL Auschwitz. W Malcu został też aresztowany przez Gestapo przebywający tu tymczasowo cichociemny: Stefan Jasieński, który zginął w obozie w styczniu 1945 r.
Po II wojnie światowej część majątku wsi przejęła Rolnicza Spółdzielnia Produkcyjna "Zgoda". Za udział mieszkańców w antyhitlerowskim ruchu oporu w czasie II wojny światowej wieś została odznaczona w 1984 r. Krzyżem Walecznych.
↑Rozporządzenie Ministra Administracji i Cyfryzacji z dnia 13 grudnia 2012 r. w sprawie wykazu urzędowych nazw miejscowości i ich części (Dz.U. z 2013 r. poz. 200)