As nascentes dos rios que formam as bacias do Canoas, Tubarão e Pelotas ficam no interior do parque. Além disso, nele encontram-se importantes áreas de carga e descarga do Aquífero Guarani.[4][5]
Relevo
De relevo bastante irregular, com altitude variando entre 300 e 1 822 m, São Joaquim encampa desde paisagens campestres a grandes furnas e encostas recobertas de mata nativa, com desfiladeiros. As maiores altitudes ficam na região nordeste do parque, sendo que o ápice está no Morro da Igreja, com 1 822 m. Os Campos de Santa Bárbara ficam na parte central do parque e tem altitudes de até 1 650 m. O solo é predominantemente pedregoso.[4][5]
As atrações mais conhecidas do parque nacional de São Joaquim são seu cume e uma fenda rochosa, chamada de Janela Furada ou Pedra Furada, localizados no Morro da Igreja. A Janela Furada é muitas vezes confundida com a Serra Furada, uma fenda arenítica de aproximadamente 45 m de altura e 8 m de largura, localizada a alguns quilômetros de distância no vizinho Parque Estadual da Serra Furada.[6][7] Outra atração do parque é o Cânion das Laranjeiras.[8]
Visitação
O parque é aberto à visitação pública e não são cobradas taxas.[3] É exigido o acompanhamento por guias credenciados para se fazer trilhas dentro da Unidade.[5] Apesar do nome do parque remeter ao município de São Joaquim, o acesso às principais atrações se dá a partir dos municípios de Bom Jardim da Serra e Urubici. A distância de Urubici até o Morro da Igreja, por estrada pavimentada, é de 27 km. Já a partir de Bom Jardim da Serra, a 12 km do centro, pode-se visitar o Cânion Laranjeiras, na localidade de Santa Bárbara,. Porém, além do acesso ser ruim, somente para veículos fora de estrada, o mesmo se dá através de área particular e são cobrados ingressos.[5][8]