Il fait son retour dans la LNH en 1982 où il est l'assistant de Glen Sather chez les Oilers d'Edmonton[2]. En 1989, il prend les commandes de l'équipe qu'il mène à la conquête de la Coupe Stanley. Après une nouvelle saison avec les Oilers, il passe quatre saisons comme entraîneur des Sabres de Buffalo dont il est également le directeur général de 1993 à 1997, puis trois pour les Rangers de New York où il est remercié avant la fin de la saison[3]. En 2001, il devient directeur général des Sénateurs d'Ottawa ; poste qu'il quitte ans plus tard après avoir été démis de ses fonctions[4]. Le , Muckler est embauché comme conseiller principal du directeur général des Coyotes de Phoenix [5].