Embauché par Universal Pictures une fois ses études universitaires terminées, il travailla ensuite pour The Walt Disney Company pour lesquels il composa ses premiers jeux vidéo : Gargoyles puis Donald in Maui Mallard. En 1997, il compose Le Monde perdu : Jurassic Park, l'adaptation en jeu vidéo du film de 1997. La musique de ce jeu vidéo est la première à être enregistrée avec une partition orchestrale originale en live. En effet le producteur du jeu, Steven Spielberg, a été impressionné par la démo musicale faite par Michael Giacchino, qualifiant même le compositeur de « jeune John Williams » et il a donc été convenu que la partition serait enregistrée en direct avec un orchestre symphonique de 40 musiciens. Michael Giacchino poursuivi sa relation avec DreamWorks SKG sur plusieurs de leurs jeux vidéo populaires dont la musique de la série des Medal of Honor.
Impressionné par la musique des Medal of Honor, le producteur J. J. Abrams fit appel à Michael Giacchino pour la musique de sa série d’espionnage Alias en 2001[1]. Les deux hommes se lient d'amitié et travailleront régulièrement ensemble par la suite. D'ailleurs, en 2004, Michael Giacchino compose la partition de la nouvelle série télévisée de J. J. Abrams : Lost : Les Disparus qui lui donne une notoriété nationale et internationale. Cette partition, pour laquelle il utilise l'emploi massif de leitmotivs, se distingue également par un processus unique consistant à utiliser des pièces de rechange d'un fuselage d'avion comme instrument de percussion et par l'utilisation d'un motif thématique caractéristique : une chute de cuivres à la fin de certains thèmes.
