La longueur de son cours d'eau est de 18,75 km[1].
Le Rognon prend sa source sur la commune de Magny-Danigon, au sortir de l'étang de la Dame, et s’écoule vers le sud-ouest sur 19 km avant de rejoindre le Scey en rive droite à Beveuge. Sur son trajet, il reçoit les eaux de quatre affluents notables : la Clairegoutte à l'ouest de Lyoffans, puis, sur le territoire de Moffans-et-Vacheresse : Le Fau et, quelques centaines de mètres en aval, le ruisseau des Banets et enfin, le ruisseau de Courmont à proximité du hameau de Vacheresse.