Fauske kommune er svært berglendt, berre ein tiandedel av arealet ligg under 60 moh, medan så mykje som ein fjerdel ligg over 1000 moh. Det kuperte landskapet er danna under den kaledonske orogenesen, og det finst fire skyvedekke i Fauske-området.
Den austlege delen av kommunen er eit fjellområde med fleire isbrear. Suliskongen nær svenskegrensa ragar høgast på 1908 moh. Mesteparten av dette austlege området av kommunen ligg over 1000 moh. Av fjelltoppar her finn ein Blåmannen, Dama, Knekten, Linaisen og Stortoppen.
Fjellområdet i aust er for ein stor del dekte av brear. Den største isbreen er Blåmannsisen på 87 km², som er den femte største breen i Noreg. Blåmannsisen ligg på grensa mot Sørfold kommune og demmer opp den store bresjøen Blåmannsvatnet. Den nest største breen er Sulitjelmabreen som ligg på begge sider av riksgrensa (22 km² i Fauske).
Innimellom fjellpartia strekkjer markerte dalsøkk seg: Jordbrudalen går nordover frå Valnesfjorden i den vestlege delen av kommunen, parallelt går Fauskeeidet nordover frå Fauske tettstad lenger inne i fjorden, og frå inste delen av Skjerstadfjorden strekkjer Sulitjelma-dalføret seg austover.
I nedste delen av Sulitjelmadalføret liggar Øvrevatnet og Nedrevatnet, som er forbunde med eit smalt sund. Dei ligg like over havoverflata og er skilt frå fjorden av ein ca. 200 m lang straum, slik at tidvatnet gjer seg gjeldande i Nedrevatnet. Mellom dette vatnet og Fauskevika ligg ei imponerande endemorene, Straumnakken.
