W latach 2014–2016 Moukoko grał w młodzieżowym zespole FC St. Pauli, strzelił wówczas 23 gole w 13 meczach[1]. W lipcu 2016 roku dołączył do akademii Borussii Dortmund[2]. W drużynie „BVB” do lat 17 zagrał w 56 meczach, w których strzelił 90 goli[3]. W 2019 roku dołączył do zespołu Borussii do lat 19[4]. 8 listopada 2019 zadebiutował w klasie wiekowej U-19 i zdobył 6 goli w wygranym 9:2 meczu przeciwko Wuppertaler SV U-19[5][6]. Łącznie w Borussii U-19 zagrał w 25 meczach, w których strzelił 47 goli[7]. 17 września 2019 zadebiutował w Lidze Młodzieżowej UEFA w meczu przeciwko FC Barcelonie[8], zostając najmłodszym piłkarzem w historii, który wystąpił w tych rozgrywkach[9]. 23 października 2019 strzelił swojego pierwszego gola w UEFA Youth League[8], stając się najmłodszym strzelcem gola w historii tych rozgrywek[9].
Kariera klubowa
Na początku kwietnia 2020 roku Deutscher Fußball-Bund obniżyło minimalny wiek dla piłkarza występującego w Bundeslidze z 17 do 16 lat[10]. Dzień po swoich 16 urodzinach (21 listopada 2020) zadebiutował w seniorskiej piłce nożnej w wygranym 5:2 meczu przeciwko Herthcie BSC, zostając najmłodszym piłkarzem, który wystąpił w najwyższej niemieckiej klasie rozgrywkowej[11][12]. 8 grudnia 2020 zadebiutował w Lidze Mistrzów UEFA, wchodząc na murawę z ławki rezerwowych w 58 minucie w wygranym 2:1 meczu przeciwko Zenitowi Petersburg[13], stając się najmłodszym piłkarzem, który zagrał w meczu LM[11]. 18 grudnia 2020 Moukoko zdobył swojego pierwszego gola w Bundeslidze, stając się tym samym najmłodszym strzelcem bramki w historii tych rozgrywek[14]. W kwietniu 2021 roku doznał kontuzji stopy, która wykluczyła go z gry do końca sezonu 2020/2021[15]. W sezonie 2020/2021 Borussia Dortmund zwyciężyła w Pucharze Niemiec, a Moukoko, pomimo braku gry w tych rozgrywkach[16], otrzymał złoty medal[17].