Bonifasíus 3. var páfi frá 19. febrúar607, þar til hann lést 12. nóvember sama ár. Þrátt fyrir þennan stutta tíma í embætti kom hann á tvennum mikilvægum umbótum varðandi embættið. Það fyrsta var að banna allar umræður um eftirmann páfa fyrir andlát hans að viðlagðri bannfæringu og að páfakjör mætti ekki hefjast fyrr en þremur dögum eftir jarðarför fyrri páfa. Hið síðara var að fá Fókas keisara í Býsantíum til að samþykkja að biskupsdæmi heilags Péturs skyldi vera yfir öllum kirkjum heims. Þannig varð páfinn í róm „alheimsbiskup“ og Kyriakos 2. patríarki í Konstantínópel gat ekki lengur gert tilkall til þess titils.
