Początki Hansy Rostock związane są z jej protoplastą, którym była sekcja piłki nożnej Sportclub Empor Rostock. W osobliwych okolicznościach w 1954 roku istniejąca drużyna Emporu Lauter (obecnie Lauter jest częścią miasta Lauter-Bernsbach) została odgórną decyzją władz NRD przeniesiona w całości do Rostocku. W uzasadnieniu stwierdzono, że na Wybrzeżu nie było silnego klubu sportowego, podczas gdy w Saksonii było ich kilka. Decyzję o przeniesieniu wykonano błyskawicznie, przesiedlając trenerów i piłkarzy do Rostocku[2]. W połowie 1964Niemiecki Związek Gimnastyczno Sportowy wraz z Niemieckim Zrzeszeniem Piłki Nożnej rozpoczęły działania mające na celu powołanie w Niemieckiej Republice Demokratycznej klubów piłki nożnej jako bytów niezależnych od klubów sportowych. Miały to być stowarzyszenia wzorowane na tzw. zachodnich klubach, lecz dostosowanych do warunków realnego socjalizmu[3]. W wyniku trwających rok prac, 18 sierpnia1965Sekretariat Komitetu Centralnego Socjalistycznej Partii Jedności Niemiec podjął decyzję o powołaniu klubów piłki nożnej[4]. W związku z wejściem w życie nowych przepisów rozpoczęto tworzenie zawodowych – w warunkach realnego socjalizmu – klubów piłki nożnej. Fakt, że jednym z członków KC SED był związany z Rostockiem Harry Tisch miał ogromne znaczenie dla powstania w tym mieście klubu piłki nożnej[5]. Polityczny lobbing Tischa, którego wspierały zakłady przemysłu morskiego i stoczniowego, doprowadził do powołania 28 grudnia1965Fußballclub Hansa Rostock.
Hansa w Oberlidze NRD (najwyższej klasie rozgrywkowej NRD) już w 1955 zajęła drugie miejsce. Były to jednak rozgrywki skrócone, niezaliczane do mistrzostw NRD, rozegrane dodatkowo z powodu zmiany terminarza z jesień-wiosna na wiosna-jesień. Empor Rostock był potem trzy razy z rzędu wicemistrzem NRD w rozgrywanych ponownie systemem jesień-wiosna sezonach 1961/62, 1962/63 i 1963/64, a jako Hansa zdobył tytuł wicemistrzowski po raz czwarty w sezonie 1967/68.
W późniejszych latach Hansa Rostock zajmowała na ogół niższe miejsca w Oberlidze NRD, natomiast w sezonie 1990/91 zajęła pierwsze miejsce w ostatnich w historii rozgrywkach wschodnioniemieckiej Oberligi (nazwanej wtedy Nord-Ostdeutscher Fussbalverband – NOFV Oberliga), które stanowiły eliminacje włączające kluby wschodnich Niemiec do rozgrywek Bundesligi. Nie została oficjalnym ostatnim mistrzem NRD, gdyż rozgrywki te zakończyły się już po zjednoczeniu Niemiec, ale uzyskała przydzielone dawnej NRD miejsce w eliminacjach Pucharu Europy w sezonie 1991/1992. Uległa w pierwszej rundzie późniejszemu zwycięzcy tych rozgrywek, drużynie FC Barcelona.
W 1. Bundeslidze zespół grał tylko w sezonie 1991/92, ale potem utrzymywał się w niej w latach 1995–2005, będąc przez większość tego okresu jedynym klubem Bundesligi z dawnej NRD (poza Hansą w Bundeslidze grał wtedy tylko klub Energie Cottbus, ale jedynie przez 3 sezony). Ponownie w Bundeslidze Hansa zagrała jeszcze w sezonie 2007/08, od razu spadając.
W 2010 roku zespół po raz pierwszy w swojej historii został zdegradowany do 3. ligi (po przegranych barażach z drużyną FC Ingolstadt 04)[6].
Rok później po zajęciu drugiego miejsca w 3. Lidze klub awansował ponownie do 2. Bundesligi. Po roku gry na boiskach drugiej ligi klub po zajęciu ostatniego 18. miejsca w tabeli ponownie spadł do 3. Ligi. Do 2. Bundesligi klub powrócił w roku 2021.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
↑W latach 1974–1978 rozgrywkami 3. poziomu było 15. grup Amateurligi: dwie grupy Amateur-Oberligi (Nord i Berlin) oraz 13. grup Amateurligi (pozostałe regiony Niemiec).
