1963年、当時のヨルダン王国の国王であったフセイン1世によって設立された。1963年の年末ごろになってカイロとクウェートが最初の就航地に選ばれた。1965年にカラベル10Rを3機導入にするにあたって、ローマに就航した。週末だけの運航であったが、これが初めてのヨーロッパ進出となった。1966年、IATAに加入するにあたって、ロンドンとパリに路線を拡大した。アリア・ヨルダン航空は、1960年代後半から1970年代にかけて、路線ネットワークを中東各地からヨーロッパ・東南アジア方面へと拡大した。1980年代には北米路線も開始した。1977年、アメリカ大陸初進出となるニューヨーク線を開設。さらにその2年後にはヒューストン線も開設した。1986年、アリア・ヨルダン航空は「ロイヤル・ヨルダン航空 (Royal Jordanian)」に社名変更をした。その後の2001年2月5日には、社名を「Alia – The Royal Jordanian Airlines Company」と改めたが、既にロイヤル・ヨルダン航空の名称が定着していたため、社名はすぐにまた「ロイヤル・ヨルダン航空」に戻された。