Les deux pays entretiennent des relations diplomatiques depuis l'indépendance du Burundi, avec une période de suspension entre 1996 et 1998 pendant la guerre civile burundaise[1].
L'ambassade de France au Burundi est ouverte en et le premier accord est signé l'année suivante portant sur la coopération culturelle et technique entre les gouvernements.
Les deux pays s'opposent dans une affaire judiciaire autour du correspondant de Radio France internationale, Hassan Ruvakuki, condamné en première instance en 2011 à la prison à perpétuité pour actes de terrorisme[2]. Cette affaire provoque la mobilisation des journalistes et des autorités françaises sur fond de défense de liberté de la presse. Sa peine est réduite en appel en à trois ans de prison puis il est libéré pour raison de santé en 2013.